南京市卫生健康委员会，是南京市机构改革新组建的单位，为南京市人民政府工作部门。
（一）贯彻实施国民健康政策，拟订全市卫生健康事业发展地方性法规、规章草案和政策、规划，制定地方标准和技术规范。统筹规划卫生健康资源配置和信息化建设工作，指导全市卫生健康规划的编制和实施。制定并组织实施推进卫生健康基本公共服务均等化、普惠化、便捷化和公共资源向基层延伸等政策措施。
（二）负责健康南京战略协调推进工作，研究提出健康南京建设的政策建议、制度措施和职责分工并协调实施。统筹全市健康促进与健康服务工作。
（三）协调推进深化医药卫生体制改革，会同有关部门研究提出深化医药卫生体制改革重大部署、政策、措施的建议。组织推动公立医院综合改革，推进管办分离，健全现代医院管理制度，制定并组织实施卫生健康公共服务提供主体多元化、提供方式多样化的政策措施，提出医疗服务和药品价格政策的建议。
（四）贯彻实施国家中医药法律、法规，拟订并组织实施中医药中长期发展规划、政策措施，并纳入全市卫生健康事业发展总体规划和战略目标。负责中医药和中西医结合工作的管理。
（五）制定并组织落实疾病预防控制规划、免疫规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施。负责卫生应急工作，组织指导全市突发公共卫生事件的预防控制和各类突发公共事件的医疗卫生救援。发布法定报告传染病疫情信息、突发公共卫生事件应急处置信息。
（六）组织拟订并协调落实全市应对人口老龄化政策措施，负责推进全市老年健康服务体系建设和医养结合工作。承担市老龄工作委员会办公室的具体工作。
（七）开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警。提出基本药物价格政策的建议。
（八）监督实施国家颁布的医疗机构和医疗服务全行业管理办法、卫生健康专业技术人员资格标准、执业规则和服务规范。建立全市医疗服务评价和监督管理体系。制定并组织实施医疗服务地方规范、标准和卫生健康专业技术人员执业规则、服务规范。
（九）拟订职业卫生、放射卫生相关政策、地方标准并组织实施。组织开展职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作。
（十）负责职责范围内的职业卫生、放射卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生等公共卫生的监督管理，负责传染病、职业病防治监督，健全卫生健康综合监督体系，推进全市卫生健康诚信体系建设。组织开展食品安全风险监测、评估，依法制定并公布食品安全地方标准，开展食品安全企业标准备案。
（十一）负责计划生育管理和服务工作，开展人口监测预警，研究提出人口与家庭发展相关政策建议，落实计划生育政策和人口发展规划相关任务。
（十二）指导全市基层卫生健康工作，推进基层医疗卫生、妇幼健康服务体系和全科医生队伍建设。
（十三）拟订全市卫生健康科技发展规划，组织实施卫生健康相关科研项目。推进卫生健康科技创新发展。组织实施毕业后医学教育和继续医学教育工作。组织开展住院医师和专科医师规范化培训工作。
（十四）拟订全市卫生健康人才发展规划，指导卫生健康人才队伍建设。
（十五）负责卫生健康宣传、健康教育等工作。组织指导对外交流合作和援外工作，开展与港澳台的交流与合作。
（十六）负责市干部保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，负责市级部门有关干部医疗管理工作，负责重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作。
（十七）承担健康南京建设领导小组办公室、市爱国卫生运动委员会办公室等的具体工作。指导市计划生育协会的业务工作。
（十八）完成市委、市政府交办的其他任务。
（十九）职能转变。牢固树立大卫生、大健康理念，推动实施健康南京战略，以改革创新为动力，以促健康、转模式、强基层、重保障为着力点，把以治病为中心转变到以人民健康为中心，为人民群众提供全方位全周期健康服务。一是更加注重预防为主和健康促进，加强预防控制重大疾病工作，积极应对人口老龄化，健全健康服务体系。二是更加注重工作重心下移和资源下沉，推进卫生健康公共资源向基层延伸、向农村覆蓋、向边远地区和生活困难群众倾斜。三是更加注重提高服务质量和水平，推进卫生健康基本公共服务均等化、普惠化、便捷化。四是协调推进深化医药卫生体制改革，加大公立医院改革力度，推进管办分离，推动卫生健康公共服务提供主体多元化、提供方式多样化。
（二十）有关职责分工。
1．与市发展和改革委员会的有关职责分工。市卫生健康委员会负责开展人口监测预警工作，研究提出与生育相关的人口数量、素质、结构、分布方面的政策建议，促进生育政策和相关经济社会政策配套衔接，参与制定全市人口发展规划和政策，落实国家、省和全市人口发展规划中的有关任务。市发展和改革委员会负责组织监测和评估人口变动情况及趋势影响，建立健全人口预测预报制度，开展重大决策人口影响评估，完善重大人口政策咨询机制，研究提出全市人口发展战略，拟订人口发展规划和人口政策，研究提出人口与经济、社会、资源、环境协调可持续发展，以及统筹促进人口长期均衡发展的政策建议。
2．与市民政局的有关职责分工。市卫生健康委员会负责拟订应对人口老龄化、医养结合政策措施，综合协调、督促指导、组织推进老龄事业发展，承担老年疾病防治、老年人医疗照护、老年人心理健康与关怀服务等老年健康工作。市民政局负责统筹推进、督促指导、监督管理养老服务工作，拟订养老服务体系建设规划、法规、政策、标准并组织实施，承担老年人福利和特殊困难老年人救助工作。
3．与市市场监督管理局的有关职责分工。市卫生健康委员会负责食品安全风险监测工作，会同市市场监督管理局等部门制定、实施全市食品安全风险监测方案。市卫生健康委员会对通过食品安全风险监测结果表明可能存在食品安全隐患的，及时将相关信息通报给市市场监督管理局，市市场监督管理局应当组织开展进一步调查。市卫生健康委员会会同市市场监督管理局开展食品安全标准跟踪评价工作，市卫生健康委员会及时向市市场监督管理局通报餐饮具消毒单位监督评定结果，市市场监督管理局对餐饮服务提供者使用卫生监督评定为「不合格」的餐饮具，加强监管，依法查处。市市场监督管理局会同市卫生健康委员会建立食物中毒事件、重大药品不良反应和医疗器械不良事件相互通报机制和联合处置机制。
4．与市医疗保障局的有关职责分工。市卫生健康委员会、市医疗保障局等部门在医疗、医保、医药等方面加强制度、政策衔接，建立沟通协商机制，协同推进改革，提高医疗资源使用效率和医疗保障水平。
（一）办公室（对外合作交流处）。负责机关日常运转工作；承担文电、会务、机要、档案、督查、重要文稿起草、机关后勤、保密、政务公开、建议提案办理等工作；组织指导卫生健康工作领域的对外交流与合作、对外宣传、援外工作，开展与港澳台地区的交流与合作；承担机关和直属单位外事管理工作。
（二）组织人事处。拟订全市卫生健康人才发展政策、规划并组织实施；指导全市卫生健康人才队伍建设；负责机关和直属单位的机构编制、干部人事、劳动工资等工作；会同有关部门拟订各类卫生健康专业技术人员资格标准并组织实施；组织指导卫生健康管理干部培训工作。
（三）规划发展与信息化处。组织拟订卫生健康事业发展中长期规划，统筹规划与协调优化全市医疗卫生资源配置工作；指导全市卫生健康事业发展规划的编制与实施；指导卫生健康服务体系建设；组织与指导卫生健康信息化建设；组织开展卫生健康统计工作；承担市「互联网+医疗健康」发展工作。
（四）财务处(审计处）。拟定全市卫生健康经济政策；承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理、政府采购；提出各类卫生健康专项资金安排建议并监督使用；负责市级卫生总费用核算工作；提出全市医疗服务价格政策建议；组织实施大型医用装备配置管理；组织指导直属单位后勤管理工作，协调指导直属单位基本建设；牵头机关健康扶贫工作；负责内部审计工作。
（五）行政审批服务处（法规处）。组织起草卫生健康地方性法规、规章草案和地方标准；承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉等工作；负责卫生健康行政审批工作，并限时办结。
（六）体制改革处。承担市深化医改暨市级综合医改试点工作领导小组办公室的日常工作；组织推进公立医院综合改革。
（七）健康促进处（健康南京建设领导小组办公室、市爱国卫生运动委员会办公室）。负责拟订健康南京建设职责分工方案、年度计划和相关制度，并协调组织实施；组织对全市各地区、各部门推进健康南京建设工作的指导与督查、考核和评估；开展重大问题调研；组织开展卫生城镇、健康城镇的创建和考核评价工作；承担健康南京建设领导小组办公室、市爱国卫生运动委员会办公室的日常工作。
（八）疾病预防控制处（食品安全标准与监测评估处、市政府血吸虫病地方病防治领导小组办公室）。拟订全市重大疾病防治规划、免疫规划、严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善疾病预防控制体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担法定报告传染病疫情信息发布工作；开展食品安全风险监测、评估和交流；承担食品安全企业标准备案工作；承担市政府血吸虫病地方病防治领导小组办公室和市政府艾滋病防治工作委员会办公室、市精神卫生工作联席会议办公室的日常工作。
（九）医政医管处。监督实施国家医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理等行业管理政策规范、标准；拟订医疗技术、医疗质量、医疗服务等地方性规范、标准并组织实施；承担推进护理、康复事业发展工作；承担市平安医院创建活动领导小组办公室的日常工作。
（十）基层卫生健康处。拟订基层卫生健康政策、地方标准和规范并组织实施，指导全市基层卫生健康服务体系建设和基层医疗卫生机构能力评价工作，指导家庭医生签约服务、基层基本公共卫生服务和乡村医生相关管理工作。
（十一）卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）。承担突发公共卫生事件的预防控制和紧急医学救援工作；组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作；指导卫生应急体系和能力建设；发布突发公共卫生事件应急处置信息；负责指导安全保卫、安全生产、消防安全工作。
（十二）科技教育处。拟订卫生健康科技发展规划及相关政策；组织、指导卫生健康科技创新与成果转移转化体系建设；组织实施卫生健康科研项目、新技术评估管理和适宜技术推广；承担与人体健康相关的实验室生物安全监督工作；组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续医学教育工作。
（十三）综合监督处。承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为；组织开展职业卫生、放射卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治和健康产业等监督检查；完善综合监督体系，指导规范执法行为；推进全市卫生健康诚信体系建设。
（十四）药物政策与基本药物制度处。贯彻落实国家药物政策和国家基本药物制度，执行国家、省基本药物目录，拟订全市基本药物配备使用的政策措施；组织开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品监测预警，制订短缺药品供应保障政策并协调实施；健全药师继续教育制度，指导医疗机构药学服务工作；提出药品价格政策和基本药物目录内药品生产鼓励扶持政策的建议。
（十五）老龄健康处。组织拟订并协调落实推进健康老龄化的政策措施；组织拟订全市医养结合的政策、标准和规范，建立和完善老年健康服务体系，承担老年疾病防治、老年人医疗照护、老年人心理健康与关怀服务等老年健康工作。
（十六）妇幼健康处。拟订全市妇幼卫生健康政策、标准和规范并组织实施；推进妇幼健康服务体系建设；指导妇幼卫生、母婴健康安全保障、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展工作；规范人类辅助生殖技术和避孕药具管理。
（十七）职业健康处。拟订全市职业卫生、放射卫生相关政策、地方标准并组织实施；开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作；承担职业病防治管理工作。
（十八）人口监测与家庭发展处。承担全市人口监测预警工作，提出人口与家庭发展相关政策建议，建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度。
（十九）宣传处。组织开展卫生健康宣传、健康教育、健康促进活动，承担卫生健康科学普及、新闻和信息发布等工作；具体承担意识形态管理、网络舆情、网络安全应对处置工作。
（二十）中医处。参与起草中医药事业发展的地方性法规、规章草案并监督执行；拟订中医药事业中长期发展规划、计划并组织实施；负责全市中医药专项资金、基本建设及国有资产等管理；参与拟订中医药医疗服务项目、价格标准、基本医疗保险等相关政策及管理办法；承担市中医药工作领导小组办公室的日常工作；指导并监督中医医疗机构及其医务人员、医疗质量、医疗服务等管理政策规范、标准实施；指导综合医院、妇幼保健机构、专科医院以及基层医疗卫生机构中的中医药工作；拟订中医药科学研究、技术开发规划并组织实施；指导中医药科研条件和能力建设，促进中医药科技成果转化、应用和推广；负责中医药师承教育、毕业后教育、继续教育和相关人才培训工作。
（二十一）信访与行风建设处。负责卫生行风工作建设，查处违反行风规定的行为，履行对医疗卫生机构卫生行风指导、监督责任；负责委信访事项受理、督查、督办及考核工作，制定完善有关信访工作的责任制、目标考核和各类规章制度；承担满意度调查评估工作；负责受理和处理人民群众提出的咨询服务、投诉、建议和求助；负责对12345工单办理工作的协调、指导、督办、考核等工作；负责社会治安综合治理和组织落实维护稳定的各项责任制度，排查不稳定因素，对重大不稳定问题进行交办督办。
（二十二）公立医院管理处。承担市政府公立医院管理委员会的日常事务，拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核办法并组织实施；负责直属公立医院院长年薪制工作。
市干部保健委员会办公室。负责市干部保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作；承担重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作；负责市级部门有关干部医疗管理工作；承担市干部保健委员会的具体工作。
市老龄工作委员会办公室。为市老龄工作委员会常设办事机构，负责拟订全市老龄工作相关政策，起草有关地方性法规、规章草案并协助组织实施；督促、检查市老龄工作委员会决定事项的落实情况；指导协调老龄宣传工作；负责联系、协调市老龄工作委员会各成员单位。
机关党委。负责机关和直属单位党群工作。
离退休干部处。负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。
2020年11月，获得江苏省抗击新冠肺炎疫情先进集体表彰。