1994年3月19日，任天堂和Intelligent Systems联合开发的动作代表作《超级银河战士》（日语：スーパーメトロイド，英语：Super Metroid）在日本发售，随后在北美和欧洲地区相继发行。这款由横井军平领头，坂本贺勇导演的15人团队制作的作品，为动作类游戏树立了新典范。《超级银河战士》不仅长时间停留在各媒体的史上最佳100款游戏前列，还被视为SNES（美版SFC）上最好的游戏之一。凭借SFC硬件的进步，游戏为metroidvania类游戏奠定了基础，其优秀的战斗系统、自由合理搭配的技能、开放性地图、间隔房间式存档点等元素，至今依旧流行于最新游戏中。《超级银河战士》是银河战士系列的第三作，其开发花费了两年时间，是当时超级任天堂发行容量最大的游戏，拥有24MB的卡带。游戏以Virtual Console形式在Wii和Wii U上重新发行，继续受到玩家的喜爱。
故事情节紧接着《银河战士II》，萨姆斯把捕获的小Metroid送到了银河联邦的空间站，让科学家们进行研究。在她刚离开不久之后就收到了空间站发出的紧急求救信号，当她返回时发现空间站里遭到了宇宙海盗的袭击，小Metroid被Ridley抢走。为了彻底消灭宇宙海盗，萨姆斯再次来到了ZEBES。
故地重游的萨姆斯在ZEBES上探索宇宙海盗的踪迹，发现很多上次没有到过的新地域，如坠毁的飞船和流沙地带，还从两种外星小生物那里学会了加速跑后蓄力飞行和蹬墙跳跃的技巧。
消灭了包括Ridley在内的四大海盗头目后，萨姆斯进入ZEBES的中心地带TOURIAN，在那里遇到很多宇宙海盗培养的Metroid。最后萨姆斯遇到已经长大数倍的小Metroid，小Metroid在快把她能量吸尽的关头认出它曾经的”母亲”，放开萨姆斯逃走了。
萨姆斯而后见到了Mother Brain， 击毁了玻璃容器，Mother Brain现出了真身。它将萨姆斯打入了濒危危险状态。
小Metroid赶来救萨姆斯，吸干Mother Brain的能量，并把能量转给萨姆斯。
Mother Brain竟又活了，杀死了小Metroid。萨姆斯启用母脑能量带来的Hyper Beam，把Mother Brain消灭，后启动自爆系统脱离了这伤心之地。
由于是在一个ZEBES这样的行星上探险，地图异常的庞大，游戏的进行过程中没有任何该往哪里走的提示，得到的新能力也不会告诉你应该怎么用，全要靠玩家自己的探索，初玩者肯定会有种茫然无助的感觉，不知道该如何是好。众多新能力、新技巧的加入使得系列的解谜在《超级银河战士》中被提升到了一个无与伦比的程度，这也是《超级银河战士》被尊为系列之最的原因。最为经典的当数变成球放在鸟人族雕像上启动机关和用强力炸弹破坏玻璃通道开辟新的路线，这其中的奥妙之处很难用三言两语能精确的表达出来，只有玩家自己亲自去玩才能体会它的伟大。 《超级银河战士》无论是在故事情节上还是游戏系统上都到达了《银河战士》系列的顶峰。
从这一部开始，《银河战士》系列的标题就不再用数字了，本作的SUPER含义有三：
其一，第一部作品平台是FC，本作为SFC，故为Super。
其二，与一代相同，地点都是在ZEBES上，画面音乐方面大幅Super化。
其三，意指已经长大的小Metroid成为了Super Metroid。
《超级银河战士》的开发由任天堂第一开发部和Intelligent Systems共同完成，由横井军平管理的十五名员工组成的团队负责开发。游戏的总监和编剧由坂本贺勇担任，制作人是加纳诚。游戏开发花费了两年时间，系列前作的开发人员——包括坂本贺勇、加纳诚和横井军平——都回归参与了本作的开发。开发团队的主要目标是制作一个具有大型地图的优秀动作游戏，并为萨姆斯的再次登场做好准备。游戏中加入了新的武器和功能，如电光索和全方位射击能力，同时引入了方便玩家的地图功能。
《超级银河战士》的音乐由山本健志和滨野美奈子作曲，采用16位音乐。山本将音乐分成三个部分：构成声音程序，创建声音效果和演奏游戏内建的音乐。这些部分使他能够制作出清晰的银河战士音乐。游戏的音乐也曾用在《银河战士Prime》及其续作中，以满足老银河战士游戏迷的期待。《超级银河战士: Sound in Action》专辑于1994年6月22日在日本发行，收录了来自《银河战士》和《超级银河战士》的音乐，以及四个重新制作的超级银河战士音轨。
《超级银河战士》由任天堂发行，日本地区的发行时间为1994年3月19日，北美地区为1994年4月18日，欧洲地区为1994年7月28日。游戏在日本销售不尽如人意，但在北美和欧洲地区销售较好。任天堂在游戏发行一年后，将它归为玩家推荐的市场标签。《超级银河战士》在Wii、Wii U和新任天堂3DS上的Virtual Console发行，使新一代玩家也能体验这款经典游戏。